Leczenie zatok można przeprowadzać na kilka sposobów. W pierwsze kolejności stosuje się domowe sposoby.
Jeżeli już te nie skutkują sięga się po preparaty z apteki. Te mogą by c tabletkami na zatoki. Wykorzystuje się także gorące napoje, które posiadają sprzyjać eliminowaniu objawów chorych zatok. Ostatnio w aptekach pojawiły się również preparaty, które umożliwiają płukanie zatok. Preparaty te zwykle umieszczone są w specjalnych pojemnikach, które irygację zatok umożliwiają. Maja one przyczyniać się do ich oczyszczania, a co za tym idzie przyspieszać ichniejszym leczenie.
Jeśli chodzi leczenie zatok, to w większości wypadków odbywa się ono po konsultacji z lekarzem. On na bazie stopni zaawansowania choroby zatok, dobiera właściwe leki. W wielu przypadkach zleca płukanie zatok, niemniej jednak nie środkami aptecznymi. Jest to płukanie, które organizuje lekarza. Ma ono na celu oczyszczenie zatok z wydzieliny i tym samym poprawienie ichniejszym funkcjonowania. Takie zabiegi najczęściej proponuje się tym chorym, którzy na zatoki chorują przewlekle i co jakiś czas borykają się z tą dolegliwością. Jeżeli płukanie zatok nie przyniesie szczególnej poprawy, to w wielu przypadkach leczy się zatoki operacyjne. Takie zabiegi natomiast poprzedzają liczne badania. Nie można się bowiem jemu poddać, jeżeli nie spełni się określonych warunków. Operacyjne leczenie zatok jest rozwiązaniem ostatecznym i decydują się na nie tylko te osoby, które z zapaleniami zatok nie mogą sobie już poradzić, i które wolą się uwolnić od tej dolegliwości. Dlatego rozwiązania takie proponuje się nielicznym pacjentom.